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↑のように、対象となる通知の上にマウスポインタを載せた状態で右クリック(2本指クリック)すると、「アップデートを隠す」と表示される。これをクリックすれば、以後、隠すと選択したソフトウェアについてはアップデート通知が出なくなる(上の画像の場合、iTunes)。

アップデートを表示するように戻したい場合はメニューバーのStore>「すべてのソフトウェア・アップデートを表示」(ただし、すぐには回復しない?)。

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この情報、本来ならOS X:ソフトウェア・アップデートの使用を停止する方法(アップルサポートページ)に載せるべきだと思うんですが、アップルのサポートページにはLionまでの方法しか載っていません。

日本語のページを検索しても、「アップデート通知全般を止める方法(システム環境設定>ソフトウェアアップデート>「アップデートを自動的に確認」のチェックを外す)」しか見つかりませんでした。

この記事の内容は、英語でググって見つけたMac Observerの記事を参考にしています。